А именно появилось множество страниц вида путь*до*страницы/comment-reply-2-mt.html
Хотя сама страница по адресу путь*до*страницы.html
И, само собой, появилось множество страниц с дублями title и descripton сайта, что естественно не понравилось поисковикам. Исправить эту проблему помогло правило:

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(.*)/comment(.*)$ 
# если строка содержит /dir1/ 
RewriteRule ^(.*)$ %1.html [R=301,L]